Вторинна структура білка зумовлена взаємодією амінокислот між собою у просторі. Головні елементи вторинної структури білка - α-спіраль та β-складка, які утворюються завдяки водним взаємодіям між амінокислотами. Взаємодія може бути зумовлена електростатичними, водними, гідрофобними та водневими зв'язками між різними амінокислотами білка. Такі взаємодії можуть стабілізувати вторинну структуру білка і впливати на його функціональні властивості.