Структурна ізомерія вуглеводнів зумовлена різним розташуванням атомів у вуглеводневому ланцюгу. Найпоширенішими прикладами структурних ізомерів вуглеводнів є ізомерія гексану:

Нормальний гексан (n-hexane) - CH3(CH2)4CH3Ізогексан (iso-hexane) - CH3CH2CH(CH3)CH2CH3Нео-гексан (neo-hexane) - (CH3)3CCH2CH3

У цих прикладах атоми вуглецю розташовані по-різному у молекулі, що призводить до виникнення структурної ізомерії.