Для карбоновых кислот характерны следующие виды изомерии:

Изомерия места: карбоновая кислота может иметь различное расположение функциональной группы COOH на углеродном цепочке. Например, изомерия места наблюдается у масляной кислоты $CH3(CH2)7COOH$ и пеларгоновой кислоты $CH3(CH2)5COOH$.

Зеркальная изомерия: карбоновые кислоты могут быть оптически активными и иметь D- и L- формы. Например, D-лимонная кислота и L-лимонная кислота.

Для сложных эфиров характерны те же виды изомерии, что и для карбоновых кислот, также может наблюдаться изомерия макроструктуры. Например, изопропиловый эфир $CH3-COO-CH(CH3)2$ и терть-бутиловый эфир $CH3-COO-C(CH3)3$.