Один из основных недостатков Конституции 1799 года был в том, что она устанавливала авторитарный режим и ограничивала гражданские свободы. Конституция предусматривала сильную исполнительную власть в лице консулов, что ограничивало права и свободы граждан. Кроме того, она не предоставляла должной защиты правам человека и гражданина, не устанавливала систему разделения властей и не предусматривала механизмы контроля за действиями правительства.