Университетская медицина в средние века была тесно связана с церковью и схоластицизмом. В то время медицина рассматривалась как часть философии и теологии, а врачи осуществляли лечение, основываясь на древних текстах, таких как произведения Гиппократа и Галена, а также на аристотелевской науке.

Ученые-медики в университетах изучали теоретические аспекты медицины, такие как анатомия, физиология, биохимия, но также важное место занимали практические знания, передаваемые от наставника к ученику. Основными методами лечения были кровопускание, прием лекарственных трав и процедуры, такие как массаж.

Университетская медицина играла значительную роль в формировании современной медицинской науки, идеи и методы которой восходят к тому времени. Однако она также была критикуема за свою догматичность и ограниченность в понимании природы болезней и методов их лечения.