Причина заключается в том, что Андрей Боголюбский был убит именно заговорщиками, и его смерть не была считана святой мученической. Поэтому его мощи были помещены в Андреевский придел для особой почитания верующими, но не в усыпальницу великих князей, где покоятся святые праведные правители.