Противоречия между царем и патриархом в основном касались религиозных и церковных вопросов. Например, одним из противоречий было отношение к реформам Никона, направленным на стандартизацию богослужебных текстов и обрядов. Царь Алексей Михайлович поддерживал Никона в его реформах, в то время как часть церковного духовенства и монашества была против них.

Еще одним противоречием было недовольство патриарха Никона поведением царя Алексея Михайловича, которое считалось не соответствующим нормам праведности и морали.

Отстранение Никона от власти стало возможным во-первых из-за массового протеста в духовных кругах против его реформ, а также из-за активного действия царя Алексея Михайловича, который поддерживал оппозицию к патриарху из-за его недовольства его деятельностью.

Во-вторых, Никон был отстранен от власти из-за недовольства царя некоторыми его решениями и действиями, в результате чего царь поддержал группу оппонентов Никона и помог им свергнуть его с поста патриарха.