Распространение протектората России над Российским ханством существенно повлияло на результаты башкирских восстаний. Объединение башкирских земель с Российским государством усилило контроль над этими территориями и подавило попытки восстаний и сепаратистских движений. Российские власти усилили контроль над башкирским населением, введя свои административные и военные структуры, что сделало организацию восстаний сложнее. В результате башкирские восстания были подавлены быстрее и эффективнее, чем в период до вхождения ханства в состав Российской империи.