В романе "Капитанская дочка" важными проблемами, поднимаемыми автором, являются конфликт между двумя разными мирами - домашним и военным, столкновение идей и убеждений различных героев, а также внутренние моральные дилеммы и душевные страдания основных персонажей. Кроме того, в произведении освещается тема правосудия и мести, актуальные для русского общества в то время.