Повість "Чайка Джонатан Лівінгстон" поділена на три частини для того, щоб підкреслити етапи розвитку та трансформації головного героя. Кожна частина відображає нову фазу в житті Чайки – від розчарувань та пошуків до самовдосконалення та духовного розвитку. Поділ на три частини допомагає читачам краще розуміти й відчути зміни, які відбуваються у головному герої, і сприяє більш насиченому розкриттю теми повісті про самовдосконалення та пошук власного шляху.