Возможно, Иван Флягин не прогнал голубей, потому что он любит животных и не хочет им навредить. Голуби могут быть символом мира и красоты, и Иван просто не видит в них ничего плохого или вредного. Возможно, он просто наслаждается их присутствием и не видит причин для того, чтобы прогонять их.