Конфликт поколений в повести "Летят мои кони" состоит в различии мировоззрения и ценностей двух главных персонажей - деда и внука. Дед, бывший красноармеец и участник Великой Отечественной войны, испытывает стойкую верность и преданность к Советскому Союзу, веря в его идеалы и патриотизм. Внук, живущий уже в постсоветское время, испытывает критику и сомнения в том, что было сделано его предками, ставя под сомнение правильность принятых ими установок. В результате этого возникают конфликты и напряженность между ними из-за разногласий в отношении истории и идей, которые для них оба имели большое значение.