Коротко: основные отличия в произношении между «немецким стандартом» (типичным для Германии Hochdeutsch) и австрийским/швейцарским вариантом касаются прежде всего качества р‑звука (rhotic), качества некоторых гласных/дифтонгов и степени редукции (элизии) шва и сочетаний гласный+э. Ниже — по трём словам с примерами в МФА и объяснениями.

1) Wasser

Hochdeutsch (типично в Германии): [ˈvasɐ]
r в безударном слоге часто вокализуется → слогативный звук [ɐ] («wasse‑r» ≈ [vasɐ]).Австрия/Швейцария (стандартные произношения/радио): [ˈvasər] или [ˈvasr̩]
в Австрии и особенно в Швейцарии чаще слышен консонантный /r/ (альвеолярный трилл или апикальный р), т.е. r не всегда вокализуется; возможно произнесение как [r] или слоговой [r̩].
Комментарий: разница слышна главным образом в окончании «‑er»: в Германии часто «васэр» с [ɐ], в А/Ш — более «чёткое» r.

2) gehen

Hochdeutsch: [ˈɡeːən] (умеренный вариант) или в разговоре [ˈɡeːn]
исторически: долгий e + шва + n; в практике у многих немцев шва сокращается → [ˈɡeːn].Австрия/Швейцария: [ˈɡeːn]
более устойчиво проявляется монопфонгизация /eː/ и редукция шва → склонны произносить без шва (как [ˈɡeːn]).
Комментарий: главное отличие — степень редукции /‑eən/ → /‑eːn/; в южных вариантах это обычное явление.

3) heute

Hochdeutsch: [ˈhɔʏ̯tə] (или [ˈhɔʏ̯tə̝]) — дифтонг с округлым вторым элементом [ʏ̯]Австрия/Швейцария: [ˈhɔi̯tə] или [ˈhɔɪ̯tə]
в А/Ш часто наблюдается денуклеаризация округления: второй элемент дифтонга разокругляется (т. е. вместо [ʏ̯] — более неглубоко округленный/неокругленный [i̯] или [ɪ̯]); дифтонг звучит «более [ɔi]», чем [ɔʏ].
Комментарий: различие тонкое, но заметно: в Германии «heute» с округлым off‑glide, в Австрии/Швейцарии — чаще без округления.

Дополнительные общие моменты

R: главное фонетическое различие — распространённость альвеолярного консонантного r в Австрии и Швейцарии против uvular/vocalized r в большинстве немецких стандартных вариантов.Дифтонги: у южных стандартов (Австрия, Швейцария) часто менее округлённые вторые компоненты (eu/äu → [ɔi̯] и т.д.).Редукция шва и сокращения: в южных вариантах сильнее распространено выпадение/слияние шва, что меняет форму инфинитивов/форм с «‑en».Интонация и темп речи: швейцарский стандарт имеет свои интонационные особенности (более «ровная» или «плавная» мелодика), австрийский — свои локальные черты; это тоже влияет на восприятие.

Заключение
Различия фонетические и орфоэпические в основном касаются: реализации /r/, качества и округления дифтонгов и степени редукции шв. Конкретные реализации зависят от региона и от того, говорим ли о «норме радиоречи» или о разговорной речи; поэтому для каждой конкретной лексемы возможны варианты. Если нужно, могу дать аудиопримеры (ссылки) или развернуть анализ по другим словам.