Да, в вашем примере допустимо повторять слова с одним из них в кавычках, а другое — без кавычек. Однако есть некоторые нюансы, которые стоит учесть для улучшения стиля. Ваше предложение выглядит корректно и понятным.

Тем не менее, чтобы избежать повторения, можно переформулировать фразу, например:

"В романе «Евгений Онегин» мне захотелось подробнее узнать его историю".

Это сделает предложение более стройным и разнообразным.