Для хранения огромного числа небольших файлов, как в вашем случае с png изображениями, обычно рекомендуется использовать структуру дерева вложенных папок. Это позволяет уменьшить количество файлов в одной папке, что может повысить производительность доступа к ним.

Оптимальная глубина вложенности зависит от объема файлов и ожидаемого общего количества файлов. Если у вас планируется огромное количество файлов, то можно использовать более глубокое дерево с большим количеством уровней.

Например, можно создать дерево с папками вида /00/01/02/.../FF/filename, где каждый уровень представляет собой шестнадцатеричное значение. Это позволит равномерно распределить файлы по всей структуре и уменьшить количество файлов в каждой папке.

Также, для оптимизации производительности доступа к файлам, рекомендуется использовать быстрые файловые системы, такие как ext4 или XFS, а также оптимизировать работу PHP-скрипта, например, кэшировать результаты запросов к файлам.

Наконец, важно регулярно мониторить и оптимизировать производительность системы хранения файлов, особенно при увеличении их числа.