Нет, наличие двух операционных систем на одном жестком диске не нанесет ему ущерба. Однако необходимо учитывать, что при установке нескольких ОС на один диск может возникнуть риск потери данных, поэтому необходимо соблюдать осторожность и регулярно делать резервные копии информации.

Отформатирование части диска в формате ext (Linux) и части в формате ntfs (Windows) тоже не должно вызвать проблем для самого диска. ОС будут видеть только свой раздел и работать с ним соответственно. Важно только правильно настроить загрузчик, чтобы можно было выбирать ОС при запуске компьютера.