Это связано с происхождением слова. Слово "безымянный" происходит от слова "безымяние", где корень "мян" образован от слова "имя". Поскольку в слове "имя" две буквы "м", то в производных словах, таких как "безымянный", также пишется две буквы "н" для сохранения этой связи.