Слово "полагаться" действительно имеет корень -лаг--лож-, а не просто "полаг". Приставка "по-" в данном случае является приставкой значениеобразования, которая придает слову определенное значение о взаимоотношениях или действиях (например, доверять, верить, учитывать и т.д.). В данном случае приставка "по-" добавляет значение взаимоотношения или действия к корню слова "лагаться", и поэтому корень остается без изменений.