Это обусловлено историческими причинами. В русском языке скобки квадратные используются в первую очередь для обозначения дополнительной информации или пояснения в тексте. Круглые скобки, в свою очередь, чаще всего испольуются для вставки дополнительной информации, которую можно было бы исключить из текста без утраты его смысла. Поэтому в звуко-буквенном разборе слова чаще всего используются квадратные скобки для выделения звуков.