Нет, "суеверие" и "суверенитет" не являются однокоренными словами. "Суеверие" происходит от корня "су-", который обозначает некоторые негативные свойства, а "верие" - верить. А "суверенитет" происходит от латинского слова "superanus", что означает "над всем".