Но | в нём | заключена | вся | прелесть | и | незаметное | разнообразие | русской | природы.

Союз "но" связывает две части предложения, выражая противопоставление.
Предложение состоит из подлежащего "прелесть и незаметное разнообразие русской природы" и главного члена предложения - "заключена".
Вторая часть - "в нём" - является дополнением, указывающим на то, что именно содержит в себе прелесть и разнообразие.