В заводе - это значит, что вы находитесь внутри завода, в его помещениях. Например: "Я работаю в заводе по производству автозапчастей."

На заводе - это значит, что вы находитесь на территории завода, но не обязательно внутри здания. Например: "Он приехал на завод, чтобы встретиться с директором."