В вашем предложении запятые расставлены правильно. Однако стоит немного изменить пунктуацию и структуру для лучшего восприятия. Вот один из возможных вариантов:

"Несмотря на то, что временем образования фабрики, тогда ещё Петроградской губернии, считается 1923 год, прибыльной она стала лишь в 1929 году."

Запятые выделяют пояснительное обстоятельство и уточнение. Все верно. Если у вас есть другие вопросы по пунктуации или стилю, не стесняйтесь спрашивать!