Вы абсолютно правы, что термин "флексия" более широкий и охватывает не только окончания, но и изменения внутри слова. Однако в русском языке под "окончанием" обычно понимается именно та часть слова, которая изменяется в зависимости от грамматических категорий, таких как падеж, число, род и т.д. Это, как правило, и есть морфемы, стоящие на конце слова.

При этом термин "флексия" используется в лингвистике для обозначения изменений в формах слов, которые могут происходить не только на конце, но и внутри слова (например, в случае сложных числительных и возвратных глаголов, как вы правильно заметили).

В учебниках может использоваться термин "окончание" для упрощения и для лучшего понимания начинающими языковедами и учениками, так как это наиболее распространенный и понятный термин в отношении грамматических изменений в русском языке. Флексия как концепция может быть более сложной и не всегда сразу воспринимается учениками.

Таким образом, использование термина "окончание" в учебниках - это скорее вопрос традиции и удобства, чем строгого лингвистического соответственного определения.