Разница в ударении и написании этих слов происходит от особенностей русского языка и традиций его словообразования.

Слово "сороконожка" образовано от числительного "сорок" и слова "ножка". В этом случае, ударение ставится на последний слог, как это принято в словах, оканчивающихся на "-ка", поэтому мы говорим "сорокОножка".

Слово "сорокалетний", наоборот, имеет ударение на "е" в корне, что связано с правилами русского языка для слов, образованных от числительных с помощью суффиксов. Здесь "летний" — прилагательное, образованное от существительного "лето", и также образовано с помощью суффикса "-н-", что определяет правильное ударение.

В целом, ударения зависят от фонетических и морфологических особенностей слов и могут варьироваться в зависимости от их структуры.