Да, вы правы, выбор между "обезлюдели" и "обезлюдили" зависит от смыслового контекста.

"Обезлюдели" — это форма, указывающая на естественный процесс уменьшения числа людей в каком-то месте, чаще без прямого воздействия человека. Например: "Улицы обезлюдели после наступления темноты".

"Обезлюдили" — это форма, указывающая на действие, совершенное кем-то, обычно с намерением. Например: "Воины обезлюдили деревню".

Таким образом, если вы хотите подчеркнуть, что улицы опустели очень естественно и по каким-то причинам, выбранный вариант будет "обезлюдели". Если же вы имеете в виду действие, приведшее к опустошению, стоит использовать "обезлюдили".