"То есть", "а именно", "например" — это вводные выражения, которые помогают уточнить, пояснить или конкретизировать мысль. Вот их правила употребления и влияние на структуру предложения:

То есть:

Используется для пояснения или переформулирования сказанного.Запятая ставится перед "то есть", если предшествующее предложение или его часть заканчивается. Если "то есть" находится в середине предложения, запятая ставится с обеих сторон.Пример: "Он не пришёл, то есть, у него были веские причины."

А именно:

Также используется для уточнения или конкретизации. По сути, "а именно" вводит конкретный пример или уточнение.Запятая ставится перед "а именно" и после него.Пример: "Он хорошо разбирается в математике, а именно, в алгебре и геометрии."

Например:

Употребляется для введения примера. Часто используется для иллюстрации сказанного.Запятая ставится перед "например", если оно вводит новое уточнение.Пример: "Я люблю фрукты, например, яблоки и груши."

Теперь разберём ваш кейс:

Фраза: «Он был не только умен но и труслив».

Исправим её на правильный вариант:
«Он был не только умен, но и труслив».

Здесь мы добавили запятую перед "но", которая соединяет однородные члены предложения. Слово "умён" уже было в правильной форме, так что корректируем его на "умен".

Таким образом, итоговая корректная версия предложения: «Он был не только умен, но и труслив».