Причина кратко: буквы я, ё, е, ю в начале слова или после гласной обозначают два звука ($j+$гласная), поэтому букв может быть меньше, чем звуков.
Подчеркнутые слова:
_Яков_ — букв $4$, звуков $5$
_яма_ — букв $3$, звуков $4$
_ёлка_ — букв $4$, звуков $5$
_ягода_ — букв $5$, звуков $6$
_маяк_ — букв $4$, звуков $5$
_шея_ — букв $3$, звуков $4$
_юла_ — букв $3$, звуков $4$
_юг_ — букв $2$, звуков $3$