Это связано с историей и происхождением слов. Ранее существовали слова "нелеп" и "глуп", и для образования прилагательных использовался суффикс "-ый". Поэтому эти слова стали образовываться с окончанием "-ый". С другой стороны, слова "слеп" и "скуп" уже образовались суффиксом "-ой", поэтому их прилагательные также образовались с этим окончанием.