В данном предложении запятая не ставится, так как оно состоит из двух частей: "Бойцам СО запрещено участвовать в спец. операциях" и "без разрешения командования". Запятая нужна только в случае, если вторая часть является придаточным предложением, которое зависит от первой части. В данном случае вторая часть - это дополнение, которое не изменяет смысл первой части и не является обособляемым элементом.