В данном случае каждое уточнение обособляется запятыми, а также вводное слово "что" перед первым уточнением обособляется запятыми. Таким образом, правильный вариант предложения будет следующим:
"Этот католический храм — Санта-Мария-сопра-Минерва (что означает приблизительно следующее: храм святой Марии над храмом Минервы), один из немногих в Риме, — готический."