Обычно названия кафедр и факультетов не заключаются в кавычки. Однако, в некоторых случаях, например, при упоминании официальных наименований, кавычки могут использоваться. В целом, рекомендуется следовать правилам оформления текста и правилам стиля учебных заведений, если таковые имеются.