Оба варианта являются допустимыми и корректными, их можно использовать в зависимости от контекста. «В чем стоит вопрос?» подходит в случае, если речь идет о конкретном аспекте или предмете обсуждения. «О чем стоит вопрос?» используется, когда хотят уточнить о чем идет речь в общем.