Да, вы правы. В данном случае, существительное "депутаты" остается в именительном падеже, хотя глагол "баллотироваться" обычно управляет винительным падежом. Это можно объяснить тем, что в русском языке часто наблюдается переход от одушевленного к неодушевленному, когда существительное обозначает группу или категорию людей в целом, а не конкретных индивидов. В данном случае, "депутаты" рассматривается как абстрактное понятие, и поэтому остается в именительном падеже.