Это потому, что в русском языке слово "камень" имеет разные формы в различных падежах. В данном случае, "камень" в именительном падеже (без изменений) и "камнем" в творительном падеже. Оба варианта ("бросил камнем" и "бросил камень") являются правильными и могут использоваться в разных контекстах.