Вероятно, вы правы в своем предположении. Возможно, выражение "устаканилось" возникло из аналогии с тем, как жидкость устаканивается в стакане - то есть становится спокойной и без перемешиваний. Таким образом, когда что-то "устаканивается", это может означать, что конфликтные ситуации разрешены, а отношения или обстоятельства улажены.