Заповедный происходит от слова "заповедь", которое в свою очередь образовано от глагола "заповедовать", то есть дать предписание, приказать. В значении "заповедный" означает что-либо, что подлежит строгому соблюдению, предписано каким-либо высшим авторитетом или законом.

Заповедник, вероятно, образовано от того же корня, но уже имеет другой смысл - это особо охраняемая природная территория, на которой запрещена любая хозяйственная или промышленная деятельность, с целью сохранения биоразнообразия и уникальной экосистемы.