"Вертопрах" - это старославянское слово, которое обозначает человека, который совершает непочтительные действия над могилами. Это определение совпадает с вашими мыслями о расхитителе могил, который "вертит прах".

Таким образом, правильно предположить, что изначально "вертопрах" действительно имело значение расхитителя могил или того, кто копается в могилах, и ворует из них ценности.