В выражении "Высшее Я" слово "Я" пишется с большой буквы, так как оно относится к категории сакрального и обозначает высшую инстанцию внутреннего "Я". Кавычки в данном случае не являются обязательными, но могут использоваться для выделения данного термина или для указания на его специфичное значение в контексте, особенно если речь идет о психологии или духовной практике.