Слово "ученик" произошло от слова "учение", которое в свою очередь происходит от глагола "учить". В истории русского языка произошло так, что в процессе эволюции языка в слово "учение" внесли изменения, и вместо сочетания двух "н" осталось только одно. Таким образом, в слове "ученик" осталась одна "н".