"Войдя в комнату, мать обнаружила, что ваза разбита, а все конфеты, которые были в вазе, съедены."

Здесь ставятся запятые после каждого обстоятельства, чтобы точно обозначить его начало и конец. Также ставится запятая перед относительным придаточным предложением "которые были в вазе", чтобы указать его зависимость от существительного "конфеты".