Слово "дно" происходит от старославянского "дъно", которое образовано от слова "до" (доходить) и означает нижнюю часть чего-либо. Слово "поддон" же образовано от приставки "под-" и слова "дно" и означает подставку, дно под чем-либо. Таким образом, различие в написании обусловлено различиями в происхождении и значении этих слов.