Это связано с тем, что в русском языке существуют определенные правила для написания слов.
Слово "непогода" пишется слитно, так как оно образовано от приставки "не-" и слова "погода", которые образуют единое понятие.
С другой стороны, выражение "не вопрос" пишется раздельно, так как это сочетание двух отдельных слов, которые связаны смысловой связью, но остаются самостоятельными частями речи.
Таким образом, написание слов слитно или раздельно зависит от их исторического происхождения и семантической структуры.