Слово "прилетают" пишется с буквой "е" по причине того, что это глагол в 3-м лице множественного числа настоящего времени. В русском языке глаголы в этой форме всегда оканчиваются на "-ят" или "-ат", а слово "летать" имеет такую особенность в своем спряжении.