Дыхание простейших происходит путем диффузии газов через их тело. Простейшие обменивают газы непосредственно с окружающей средой через их поверхность тела. Кислород поступает в их организм, а углекислый газ выдыхается из него. Этот процесс происходит благодаря наличию мембраны, которая позволяет газам проникать через нее. Вода и питательные вещества также захватываются простейшими из окружающей среды во время дыхания.