Вироиды находятся в цитоплазме клетки, обычно вблизи мембраны клеточного ядра или в близкой связи с органеллами, такими как митохондрии или хлоропласты. Вироиды не содержат оболочки или капсиды, поэтому они представляют собой небольшие молекулы РНК, которые могут перемещаться и взаимодействовать с клеточными компонентами для своего размножения и распространения.