Система органов представляет собой совокупность органов, которые связаны между собой и выполняют определенные функции в организме. Например, сердечно-сосудистая система включает в себя сердце, кровеносные сосуды и лимфатическую систему, которые работают вместе для переноса крови и питательных веществ по организму.

Аппарат органов - это функциональная единица, состоящая из органов или их частей, объединенных вместе для выполнения специфической функции. Например, дыхательный аппарат включает в себя органы дыхания, такие как легкие, бронхи и дыхательные мышцы, которые работают совместно для обеспечения обмена газов в организме.

Таким образом, система органов является более широким понятием, охватывающим все органы, связанные между собой, в то время как аппарат органов представляет собой более специализированное образование, выполняющее определенную функцию в организме.