Увеличение продуктивности: селекция направлена на увеличение выхода ценных продуктов, таких как ферменты, аминокислоты, витамины и другие биохимические вещества.

Улучшение устойчивости к стрессовым условиям: микроорганизмы могут быть селекционированы для повышения устойчивости к экстремальным условиям, таким как высокие или низкие температуры, высокая соленость или стрессовые вещества.

Создание новых штаммов для биотехнологических процессов: селекция микроорганизмов может быть направлена на создание новых штаммов для производства биопродуктов, биотоплива, биополимеров и других биотехнологических продуктов.

Улучшение свойств патогенных микроорганизмов: селекция может быть использована для создания более эффективных методов борьбы с патогенными микроорганизмами, такими как бактерии, вирусы и грибки.

Увеличение адаптивности к изменяющимся условиям окружающей среды: микроорганизмы могут быть селекционированы для лучшего приспособления к изменениям в окружающей среде, таким как загрязнение, изменение климата или другие факторы.