Дафнии размножаются как половым, так и бесполым способом.

Половое размножение у дафний происходит через оплодотворение самцом яйцеклетки самки. После оплодотворения самка откладывает яйца, из которых затем вылупляются молодь. У некоторых видов дафний встречается также партеногенез – размножение без оплодотворения самца, при котором самки откладывают дочерние особи, генетически идентичные материнской особи.

Бесполое размножение у дафний также возможно и происходит при помощи партеногенеза. В этом случае самка откладывает клонированные особи, генетически идентичные материнской особи. Бесполое размножение позволяет дафниям быстро увеличивать свое население, особенно в условиях благоприятной среды обитания.