У млекопитающих имеются различные типы зубов, способные обработать и раздробить пищу, что облегчает процесс пищеварения. У рептилий зубы встречаются не у всех видов, их функции могут отличаться.

Кроме того, у млекопитающих отсутствует клоака – общий отверстие для вывода мочи, кала и яиц у рептилий. У млекопитающих имеется отдельное прямое кишечное отверстие для вывода отходов.

Тонкий кишечник у рептилий относительно длиннее, чем у млекопитающих, что связано с различием в пищеварительном процессе.

Слюнные железы, которые выделяют слюну, у млекопитающих развиты лучше, так как слюна содержит ферменты, необходимые для начала пищеварения, в то время как у рептилий подобные железы или отсутствуют, или их функции ограничены.